Ρωμαίοι, Μακεδόνες, Ενετοί και τέλος οι Τούρκοι το 1538 κατέλαβαν τη Σκιάθο. Εκείνη την περίοδο οι κάτοικοι εγκατέλειψαν την πόλη και κατέφυγαν στο δυσπρόσιτο κάστρο στη βορειοανατολική πλευρά, όπου παρέμειναν μέχρι την αναγνώριση του ελληνικού κράτους το 1823. Στη συνέχεια κτίστηκε η Χώρα, αυτή που ο επισκέπτης θαυμάζει σήμερα. Η επίσημη απελευθέρωση του νησιού έγινε το 1830 και την επόμενη περίοδο αναβίωσε η ιστιοφόρος ναυτιλία που διήρκεσε μέχρι το 1930.
Η σημερινή πόλη βρίσκεται στη θέση όπου ήταν χτισμένη η αρχαία Σκιάθος. Στο λιμάνι της αγκυροβολούσαν στη διάρκεια των Μηδικών πολέμων οι τρεις τριήρεις που περιπολούσαν - μετά από απόφαση των Αθηναίων - την περιοχή. Το 220 π.Χ. ερημώθηκε από τους Μακεδόνες. Στη συνέχεια για αιώνες ολόκληρους πέρασε στην αφάνεια.
Το 1204 μαζί με τα άλλα νησιά των Σποράδων δόθηκε στους Ενετούς ηγεμόνες Γκίζι. Στη διάρκεια της Επανάστασης του ΄21 ήταν κρησφύγετο οπλαρχηγών από τον Όλυμπο και τη Θεσσαλία. Με την ίδρυση του ελληνικού κράτους, το Κάστρο εγκαταλείφθηκε και οι κάτοικοι γύρισαν ξανά στην πόλη -μετά από 300 χρόνια- και την έφτιαξαν από την αρχή (1830).
Εδώ γεννήθηκε το 1851 ο κορυφαίος της ελληνικής πεζογραφίας Αλέξανδρος Παπαδιαμάντης. Σκιαθίτης ήταν επίσης και ο διηγηματογράφος Αλέξανδρος Μωραϊτίδης.
Από τα αρχαιότατα χρόνια μέχρι σήμερα το νησί είχε πάντοτε το ίδιο όνομα. Μερικοί είπαν ότι η ονομασία του οφείλεται στη σκιά που ρίχνει πάνω του ο Άθως, το ιερό βουνό της Ορθοδοξίας. Αλλά μάλλον η εξήγηση αυτή ανταποκρίνεται σε λαϊκή ετυμολογία καθώς ο Άθως τη μόνη επιρροή που είχε στο νησί ήταν ότι οι Σκιαθίτες είχαν συνεχή επικοινωνία με το Άγιον Όρος και τις παραδόσεις της Εκκλησίας κατά τα δύσκολα χρόνια της Τουρκοκρατίας. H εξήγηση την οποία δέχεται και ο πεζογράφος Αλέξανδρος Παπαδιαμάντης σχετικά με την ονομασία του νησιού είναι η σκιά που δημιουργούν τα πολλά δάση τα οποία το καλύπτουν από πολύ παλιά.
